Практически все бэкаперы хранят архив в своем формате. Почему? А потому что они - внезапно - могут работать на уровне ниже ФС. Например на уровне блоков диска, как это делает VmWare (то есть Nakivo Backup & Replication) - за счет того, что пишутся только изменившиеся блоки экономится чертова прорва места.
Для пофайлового копирования не нужен продвинутый бэкапер - они же еще и весьма недешевые. Достаточно либо штатного утиля либо какой-нибудь бесплатной программы.
