Какое-то - наверное оказывает. Если например, поставил двадцать программ, потом в случайном порядке десять из них снес, причем это программы класса автокада. Или если ее не проводил несколько лет. Теоретически, реестр идущий непрерывными блоками, грузится быстрее. Практически, подтверждения этому найти сложно (по крайней мере начиная с Win7 я нифига не замечаю. На WinXP было заметно, иногда даже существенно)
