Гуглите position: sticky. Пока что поддерживается не многими браузерами, но можно прикрутить полифил.
Либо, как уже ранее ответили, использовать какой ни будь jquery плагин. Я бы выбрал первый вариант.
Скорее всего проблема в том что используется дочерний селектор ">" в css. Это происходит потому что jquery перед анимацией оборачивает элемент в свой div а после удаляет.
Самое простое решение переписать css для этого блока без использования дочерних селекторов.