Николай

$(function(){ 
	$(window).on('scroll.video', function(){
		if ($(this).scrollTop() > 3000) {
			$("#IndexNewCar").html("видео");
			$(window).off('.video');
		}
	}); 
});

Советую использовать jquery.scrollTo вместо своих велосипедов.

Скорее всего проблема в том что используется дочерний селектор ">" в css. Это происходит потому что jquery перед анимацией оборачивает элемент в свой div а после удаляет.
Самое простое решение переписать css для этого блока без использования дочерних селекторов.