Дмитрий Зайцев

Итак, разобрался, дело в том, что команда chmod при изменении прав на группу меняет маску. У битрикса есть файл dbconn.php, в котором значение файлов, создаваемых по умолчанию стояло 644, поэтому в созданных каталогах и стояла маска r-x.