Где-то я читал статейку, где предлагалось хранить системные настройки в обычной системе контроля версий: инициализировать внутри каталога /etc локальный репозиторий (речь шла о Линуксе) и туда всё загнать. Даже если поправишь что-то криво, можно будет не вспоминать мучительно, что где правил, а просто откатить изменения. То же самое можно сделать и для всей файловой системы, добавив в список игнорирования ненужные каталоги типа /tmp.
Также существуют программы типа Acronis True Image, в которых можно «заморозить» текущее состояние системы а потом либо откатить все изменения, совершённые после этого момента, либо принять их.