Зачем без virtualenv? После запуска python setup.py develop, например, ваша система превращается из цельной системы в тыкву. В дебиане каком-нибудь можно попробовать пакеты с pypi собирать в дистрибутивные, но это не всегда работает. А централизованное обновление библиотек чревато необъяснимыми и неуловимыми багами, а virtualenv позволяет наборы библиотек изолировать.
Никаких проблем с его использованием в продакшне вообще нет.