Если принципиально сделать именно так то нужно понимать что пуля в сцене должна быть только одна иначе этот обьект который "контролирует объекты в воздухе", будет непойми что удалять. Так же для того чтобы столкновение "произошло", на объектах должен быть коллайдер. Я бы посоветовал повесить скрипт непосредственно на пулю или врага и уже в них проверять столкновение, что будет плюсом в плане того, что можно например спавнить пули из префаба с скриптом. Тогда код будет в пуле такой.
void OnCollisionEnter(Collision col){
if (col.gameObject.name=="enemy") {
Destroy (col.gameObject, 7f); //удаляем врага с !КОТОРЫМ! столкнулись.
}
Destroy (gameObject, 7f); //удаляем нашу пулю если она в что либо врезалась.
}
void Update(){
Destroy (gameObject, 10f); //удаляем нашу пулю если она никуда не врезалась и улетела в далёкие края.
}
