Если я все правильно понял, то вы хотите во втором случае обновить дату и статус для документа. Для этого вам нужно использовать "Update operators" mongodb. Ваш запрос должен выглядеть примерно так
Pari.findByIdAndUpdate("55058fc4e9cbc78c1b9973d2", {$set:{date: Date.now, active: true}}, function(err, curPari){
console.log(curPari);
});
Подробнее можете почитать в документации
docs.mongodb.org/manual/reference/operator/update-field 
