Начнем с того что "Есть расширение для хрома(standalone программа на c#)" Зачем если там расширения на HTML5+JS?
В хроме есть GCM, технически делается через промежуточный сервер.
Телефон или браузер посылают запрос на сервер, а сервер в свою очередь делает PUSH через GCM. Вы ставите на пуши обработчик и вуаля - когда приходит пуш вы на него отвечаете.
GCM находится в API хрома на JS, не уверен что будет доступно у вас через C#
