Victor Alenkov

старая мудрость гласит, что дистрибутив надо ставить тот, какой стоит у вашего опытного товарища, к котому можно всегда обратиться за помощью.

А так - я бы предложил Linux Mint KDE

IDEA по умолчанию использует свою JDK, которая расположена в $IDEA_HOME/jre. В последних версиях это изначально уже Oracle Java 8.
А вот для проектов надо указывать необходимую JDK через настройки проекта (File > Project Structure > Project > Project SDK)

через Nginx. каждое приложение запустить на отдельном порту (а не все на 8080) и в Nginx для каждого домена указать свой backend сервер