Разнесите Entity-сущности и POJO сущности в разные классы и сериализуйте/десериализуйте через Mapper-классы. Это хоть и увеличит количество классов, но зато упростит дальнейшую поддержку приложения - внутренние сущности и внешние со временем могут "разбежаться" по содержимому.
Если же такой вариант не подходит, тогда пишите свой
десериализатор, в котором по ID получайте нужную сущность.
