IMHO, придётся чем-то жертвовать.
горячие клавиши в Linux глобальные и имеют приоритет над горячими клавишами уровня приложения.
Я для себя решил пожертвовать клавишами в Linux, поменяв их на другие.
ЗЫ: вместо Win+T с вызовом терминала поставил yakuake (под Mate это guake скорее всего), который выпадает по Win+F12