Вообще, единственным «проблемным» браузером на Хабрасторейдже у нас является Хром - он как-то по-своему работает с flash-загрузчиком, из-за чего многие файлы не загружаются (например с 400-ой ошибкой). Помогает попробовать другие браузеры, но почему проблема возникла у вас в ФФ и ИЕ, другой вопрос.
Хорошая новость заключается в том, что у нас почти готов «новый» Habrastorage, в котором нет места флешу.
