Чтоб работало по идее нужно выкинуть из вложенных select`ов группировку по user. Ну и обилие DISTINCT это плохо. Как минимум можно убрать DISTINCT из первого SELECT`а мне так кажется
SELECT COUNT(s1.clientId ) AS s1.User, s1.page.pagePath
FROM (
SELECT
COUNT(DISTINCT clientId ) as User,
page.pagePath
FROM
[89437389479847487]
GROUP BY page.pagePath
HAVING
page.pagePath = 'URL 1'
AND page.pagePath != 'utm'
) AS s1
INNER JOIN (SELECT COUNT(DISTINCT clientId ) AS User, page.pagePath
FROM
[89437389479847487]
GROUP BY page.pagePath
HAVING page.pagePath = 'URL 2' AND page.pagePath != 'utm') AS s2
ON s1.User=s2.User
GROUP BY s1.user,s1.page.pagePath