Я дико извиняюсь, но я ошибся с Unison, она на самом деле удаляет удаленные файлы, и не переписывает их с других серверов. Только-что тестировал, вот лог:
Looking for changes
Waiting for changes from server
Reconciling changes
<---- deleted 222
local : unchanged file modified on 2011-07-22 at 6:56:54 size 0 rw-r--r-- user=0 group=0
test2.geo... : deleted
Propagating updates
UNISON 2.32.52 started propagating changes at 06:57:43 on 22 Jul 2011
[BGN] Deleting 222 from /home/test12
[END] Deleting 222
UNISON 2.32.52 finished propagating changes at 06:57:43 on 22 Jul 2011
Saving synchronizer state
Ответ найден, всем спасибо :)