Чтобы не выполнять непонятные вам команды просто запомните простую последовательность в таком случае:
1. случайно добавили что-то в git, закоммитили
2. чтобы удалить случайные файлы из репозитория вам нужно всего лишь удалить эти файлы (перенести временно куда-нибудь из репозитория) и сразу закоммитить изменения
3. добавить файл/папку в gitignore, закоммитить
4. вернуть файлу/папке старое местонахождение, больше он в коммит не попадет
Итого у вас для исправления должно получиться 2 коммита, первый удаляет файлы, второй добавляет их в гитигнор. Если на первом пункте вы уже запушили изменения в удаленный репозиторий, то после шага 3 снова пушите и все.
Возможно, вы случайно зафиксировали файл, содержащий пароль, а теперь хотите сделать ваш проект общедоступным, например для удаления файла passwords.txt из всей вашей истории вы можете использовать опцию --tree-filter команды filter-branch::
git filter-branch --tree-filter 'rm -f passwords.txt' HEAD
https://git-scm.com/book/ru/v2/%D0%98%D0%BD%D1%81%... 
