Bermut

Это решается таблицами маршрутизации, маркировкой соединений через mangle правила, если кратко, то должно выглядить как-то так:

ip ru a table 1 fwmark 1
ip r a default via <1 ips gw> t 1
ip ru a table 2 fwmark 2
ip r a default via <2 ips gw> t 2
iptables -t mangle -I PREROUTING -m conntrack --ctstate NEW -i <eth ips 1> -j CONNMARK --set-xmark 1
iptables -t mangle -I PREROUTING -m conntrack --ctstate NEW -i <eth ips 2> -j CONNMARK --set-xmark 2
iptables -t mangle -A PREROUTING -m connmark --mark 1 -j MARK --set-mark 1
iptables -t mangle -A PREROUTING -m connmark --mark 2 -j MARK --set-mark 2

Товарищ, у меня вопрос, кто из выше стоящих людей поставил тебя на эту задачу? У тебя отсутствуют даже базовые познания сети.
Ну а так, подключаем первый коммутатор ко второму, назначаем на интерфейсы к которым подключен кабель ip адреса из одной подсети(можно /31), и на одном из коммутаторов пишем маршрут до подсети/подсетей, которые используются во втором здании.

Но, опять таки, в данном случае отказаустойчивость нулевая, и при таком маштабе сети стоило бы нанять системного администратора, которое бы привел все в божеский вид.