Как я понял, у вас убунту это шлюз в Интернет с двумя каналами и вы хотите определенные хосты из своей сети отправлять через первый канал, а остальные через второй?
# ip route add default via 28.54.68.54 table 501
# ip route add default via 94.51.58.42 table 502
# ip rule add from 192.168.1.101 table 501
# ip rule add from 192.168.1.202 table 502
В целях экономии, ваш провайдер, для блокировки запрещенных сайтов, просто перенаправляет ваши днс запросы (53 порт) к себе на сервер. Решить это можно используя vpn, для всего трафика, либо только для dns запросов.