BelBES

Сам спросил, сам ответил, изменил скрипт для wakeup'а таким образом:

#!/bin/sh
case $1 in
  post)
    sleep 1
    echo -n none > /sys/devices/platform/i8042/serio1/drvctl
    echo -n reconnect > /sys/devices/platform/i8042/serio1/drvctl
    rmmod psmouse
    modprobe psmouse    
  ;;
esac

и теперь после выхода из сна контролы работают корректно.

В итоге плюнул я на автоматическое отключение тачпада и прочие автоштуки и тупо написал виджет, который это все делает. Кому интересно, скрипт на полторы строчки кода можно найти тут

Проблема решилась вытыканием видеокарты и подключением монитора к встроенной интеловой карте.

Сам спросил, сам отвечу)
Пришел в итоге вот к такой последовательности действий. Насколько запускается CUDA-софт, пока не понятно, но NVCC что-то успешно компилирует.

1) отключаем nouveau драйвер
создаем файл /etc/modprobe.d/blacklist-nouveau.conf
содержащий следующие строчки:
blacklist nvidiafb
blacklist nvidiafb
blacklist nouveau
blacklist rivafb
blacklist rivatv
blacklist vga16fb
options nouveau modeset=0

ребутим комп

2) устанавливаем только драйвер(!!!) из .run файла с сайта nvidia

3) устанавливаем bumblebee
sudo add-apt-repository ppa:bumblebee/stable
sudo apt-get update
sudo apt-get install bumblebee bumblebee-nvidia
sudo apt-get install primus

ребутим комп

4) ставим cuda toolkit из .run файла с сайта nvidia

5) PROFIT!!!

Теперь в системе недоступна утилита vgaswitcheroo.
Отлючение/включение дискретной видеокарты делается так:

Выключить дискретное видео:
tee /proc/acpi/bbswitch << OFF

Включить дискретное видео:
tee /proc/acpi/bbswitch <<< ON

просмотреть статус:
cat /proc/acpi/bbswitch