BelBES

Сам спросил, сам ответил, изменил скрипт для wakeup'а таким образом:

#!/bin/sh
case $1 in
  post)
    sleep 1
    echo -n none > /sys/devices/platform/i8042/serio1/drvctl
    echo -n reconnect > /sys/devices/platform/i8042/serio1/drvctl
    rmmod psmouse
    modprobe psmouse    
  ;;
esac

и теперь после выхода из сна контролы работают корректно.

Проблема решилась вытыканием видеокарты и подключением монитора к встроенной интеловой карте.