PHPExcel тут, скорее всего, ни при чем. Использую эту библиотеку для схожих целей, была подобная проблема.
Я удовлетворился тем, что мои таблицы всегда создаются МСОфисом под вин, и в этом случае с кодировками все в порядке. LIbreOffice под Убунтой давал знаки вопросов вместо русских символов.
