Из кода ошибки видно, что вам не хватает памяти для работы скрипта. Память теряется на работе с массивом. Если вам данные из БД нужны только один раз то посмотрите в сторону генераторов / итераторов и обработку данных выполняйте внутри них - это позволит вам избежать хранения ненужных данных.