Олег

Выделить функционал в отдельный пакет и использовать его как зависимость для любых проектов.

Возможно Вам поможет git reflog
Хранит в себе все действия над веткой, включая мержи и ребейзы.
1) Перейти в мастер
2) Откатить мастер до нужного момента (вероятно до того, когда были смержены туда все ваши ветки)
3) Запушить с форсом.

Но аккуратнее, все таки мастер. )

Заведите конфиг .htaccess.dist, и туда добавляйте необходимые изменения.
Когда необходимо развернуть приложение копируйте и переименовывайте в .htaccess.
Конфиги должны быть в gitignore, иначе можно наворотить "дел" по невнимательности.

git checkout origin/*your_need_branch_name* -b *your_branch_name*