Есть 2 пути:
1) использовать Aggregation Framework для построения запроса
2) ход конём: при поступлении данных сразу в другую коллекцию сразу записывать/обновлять ваши «последние значения по определенному ключу», с сохранением id записи исходной коллекции, в которой хранится это значение ключа. В таком случае для выборки вам нужно будет просто сделать простой запрос к этой доп.коллекции. Особенно хорошо это решение будет, если у вас ключей немного, причем настолько же хорошо, насколько глупо будет смотреться ворочание этой большой исходной коллекции-хранилища для получения последних значений нескольких десятков ключей…
