К сожалению придется выключать автоматическую отправку файлов на сервер. Без использования CVS в таком случае всегда есть риск затереть данные на сервере.
Можно поступить нестандартным способом:
После настройки режима "выгрузить файлы — вручную" можно поменять горячую клавишу CTRL+S на действие "Выгрузить" ("Upload"). Таким образом выгружаться на сервер будут только те файлы, которые мы отредактировали в IDE и сохранили через CTRL+S.
Настройки:
1) Выгружать файлы: вручную
2) CTRL+S: "Выгрузить" ("Upload")
