Поотключайте PPA с помощью ppa-purge, особенно это касается xorg-edgers и x-swat, поудаляйте лишние пакеты, я бы даже пробежался по списку ВСЕХ установленных пакетов в Synaptic. Чем меньше установлено, тем меньше вероятность поломки чего-либо. Обновление проводите в стандартном менеджере обновлений, я бы оставил на ночь — это может занать до 3х часов даже на мощных машинах.