Ваша настройка будет работать только для тех приложений, которые поддерживают работу через прокси используя переменные окружения.
Поэтому, если у вас сразу не заработало, перезапустите то приложение, которое хотите, но знайте, что не все приложения будут работать чрез прокси, а для некоторых нужна персональная настройка.
P.S.
Да и вообще, перезагружать компьютер с Linux'ом вообще не нужно ни при каких обстоятельствах. Даже если ядро системы пересобираете.
