У меня Django + Postgresql + Nginx
Есть папка services, там лежат три файла docker-compose, один для старта бд, джанги, веб сервера, другие два для бекапа бд и восстановления чтоб можно было по крону дампить
Так же в этой папке лежат папки билдинга образов для контейнеров, Nginx, Django, Postgres, я собираю это все из своего настроенного образа Debian:jessie, папка Project, в ней код Python и развернут git, на уровень выше есть папки для бд, дампов бд и папка для дампов воссановления бд, папка для сокета uwsgi-nginx



папка db мапится в контейнер, конфиги nginx тоже мапятся в контейнер nginx
на продакшене есть еще папки скриптов и конфигов для деплоя

Образ это слепок, состоящий из слоев файловой системы, проще говоря..
Все слои в образе только на чтение
Когда вы из образа создаете контейнер, то наслаивается еще слой и в него можно записывать
Именно поэтому образ это, грубо говоря, слепок, а, грубо говоря, экземпляр образа это есть контейнер с возможностью туда записывать что либо
Контейнер можно закоммитить, он станет образом, это означает что его верхний слой, тот, куда можно было записывать что-либо, станет read only, вот и вся магия...