Переносить и уж тем более переименовывать сервер точно не стоит. Пробовать я конечно не пробовал, но даже теоретически ничем хорошим это не кончится.
Я так понимаю, что у вас в каждом филиале стоит либо свой Standard FE либо SBA.
В этом случаи самый правильный и беспроблемный вариант - развернуть новый сервер и перенести всех на него. Конечно для этого придется добавить его в топологию. Там проблем быть не должно никаких, если конечно все пользователи в одном домене.
В таком случаи также можно будет банально перепривязать PSTN-шлюзы к новому Mediation серверу и более никаких настроек на Lync делать не придется.