Вложенные массивы же тоже надо создавать.. Вы корневой создали а вложенные нет.
Ну и массив в js это набор элементов индексируемый по целочисленному индексу. Вы пытаетесь индексировать строками насколько я вижу. Если нужны строки в качестве индексов то можно использовать тип
Object:
// создаем объект (в другой нотации: var nestedLists = new Object();)
var nestedLists = {};
// инициализируем вложенный список
nestedLists["list1"] = {}; // либо нотация с точкой (если индекс константа и его можно хардкодить) nestedLists.list1 = {};
nestedLists["list1"]["item1"] = "foo";
nestedLists["list1"]["item2"] = "bar";
...
// инициализируем вложенный список 2
nestedLists["list2"] = {};
nestedLists["list2"]["item1"] = "blabla";
nestedLists["list2"]["item2"] = "smth";
...