Проблема решена отчасти обработкой дедлоков в приложении, работающим с БД (оно пытается повторить последний запрос и продолжить работу в транзакции), и в наибольшей степени — отказом от UNIQUE KEY `UK_country_date` (`country_id`,`date`)
в пользу PRIMARY KEY (`country_id`,`date`).
Спасибо всем!
