Зачем удалять?
Если хотит обновить:
sudo npm cache clean -f
sudo npm install -g n
sudo n stable
Если удалять, то тут несколько версия:
Самый ппростой, идете и дропайте сам бинарник
sudo rm /user/bin/node
Можно, как выше:
sudo apt remove nodejs
но судя по ошибкам вы просто забыли добавить `sudo`, и он пытаеться дропнуть директории.