AntonDrelin

По разному, смотря как хотите запариться:
1) запарный вариант, это написать процедуры, дополнительными таблицами, и т.д. итого сделать контроль версии на MySQL.
2) написать bash скрипт которые бы делал бы копию структуры, и появления новой таблицы и т.д. вызывался bash скрипт который делал копию стуктуры...вообще то же запарный вариант, но проще реализуемый чем 1, и намного гибче.
3) Поискать форки MySQL в которых этот механизм реализован.

По INSERT, одинаковые

По UPDATE:
UPDATE table SET Rating=1 WHERE id=(SELECT id FROM second WHERE Name='Test')
по UPDATE в первом случае MySQL должна выполнить join, а потом update.

Ускорить DDL запросы, которые связаны на вставку или обновления, они всегда медленные по сравнению с обычными SELECT.

Можно поменять тип таблицы, в зависимости от этого можно добиться небольшого ускорении, но не сильно.

Нет, в файла .frm описана сама структура таблица, сами же данные хранятся в файле ibdata, если он был удален или поврежден, то прощай данные.