По разному, смотря как хотите запариться:
1) запарный вариант, это написать процедуры, дополнительными таблицами, и т.д. итого сделать контроль версии на MySQL.
2) написать bash скрипт которые бы делал бы копию структуры, и появления новой таблицы и т.д. вызывался bash скрипт который делал копию стуктуры...вообще то же запарный вариант, но проще реализуемый чем 1, и намного гибче.
3) Поискать форки MySQL в которых этот механизм реализован.