Что такое «система А» и «система Б»?
Если это два сервера, на которых какие-то приложения, то, мне кажется, что будет логично поднять между ними VPN и присоединить на сервере A каталог сервера Б по NFS. Тогда сервер А просто будет класть файлы, а Б просто их забирать.