Do Not Indent Children Of
https://www.jetbrains.com/help/webstorm/settings-c...
Но вообще, хорошо, что удаляются отступы конкретно у этих тегов. Зачем вам сдвиг практически всего кода из-за вложенности в body?
p.s. за user-scalable=no и maximum-scale=1 отрывала бы руки.
