Разница аналогичная, как между Update и FixedUpdate в Unity.
_process() вызывается так часто, как позволяет скорость ЦП
_physics_process() вызывается с фиксированной скоростью
Проще говоря, _process зависит от вашего FPS.
Если FPS почему-то просядет — процесс пострадает тоже...
Поэтому нужно использовать _physics_process при обработке физики.