На Android стоит FolderSync, который выгружает нужные мне папки и файлы по расписанию куда надо (облако, sftp, webdav, owncloud и т.д.). Умеет папки создавать на получателе с текущей датой и временем (имя папки). Умеет удалять папку на источнике, после выгрузки. Умеет "мгновенную загрузку" (не проверял в действии). В общем, лучше посмотреть самому.
Сейчас труба без рута, поэтому только некоторые файлы выгружаются в облако (бэкапы и экспорты от разных программ, некоторые программы хранят конфиги в своих папках (их бэкаплю) + различные другие файлы, которые мне нужны. Конечно не такой сильных и параноидальный обхват, как с рутом (ниже), но пока хватает.
На старом телефоне был рут, там Titanium Backup делал бэкапы и складывал в папку на флешке, а FolderSync выгружал куда надо. Так же титаниум умеет сам в dropbox и google drive выгружать (вроде еще что-то поддерживает). Так же иногда делал ручками nand бэкап на флешку, откуда тот же фолдер синк выгружал данные куда надо. Мне этого хватало с лихвой.
