Возможно в pycharm вы используете окружение (venv) в котором установлены какие то модули которые были установлены например через pip install. Что бы Ваш проект успешно работал нужно создать ему такое же окружение в линуксе. Что бы посмотреть что установлено в pycharm в терминале введите: pip freeze - появится список установленных пакетов. так же в линуксе попробуйте выполнить эту команду (должен быть установлен pip) и сравните пакеты. Если не получится, придется глубже копать.