У меня сделано так: добавил доменное имя в Ex, создал коннекторы. Дальше в АД сделал контейнер в котором будет располагаться вся структура дочерней компании Y и настроил политику адресов таким образом, что бы при создании пользователя в этом контейнере, он получал адрес с доменом компании Y. Минус данного решения - нельзя сделать два почтовых ящика с одинаковым именем н.р. user@domen.ru и user@nodomen.ru так как в домене нельзя одинаковые логины юзерам. Лечится через добавление дополнительного адреса электронной почты в настройкой ящика EX либо, схемой логин в домене не равен имени ящика в почте. Но это не красиво. Правильное решение разворачивать отдельный лес в домене, добавлением доверенного домена или чем то подобным.