У работника сделать метод setCompany(Company) и с его помощью пусть компании прописываются у работника при изменении списка своих работников. (одна компания увольняет сотрудника, прописывая в поле работника вместо себя NULL, а вторая заполняет это поле)
Важно чтобы код, поддерживающий циклические ссылки, был один.
Очень плохой вариант, когда в обоих классах есть код, который правит одно и то же звено цепочки.