если правильно понял проблему, то ...
MX - дополнительная запись в DNS (те самые доменные имена)
если все изменения делаются в Cloudflare, то и вносить запись надо там.
MX сервер - имя сервера который отвечает по 25 порту на входящий коннект.
ISP manager - никогда не пользовался. если эти настройки требует он, то вероятно, он думает, что это ОН управляет записями в DNS. Если у тебя не так, то и наверное можно проигнорировать.
перед внесением записей в DNS лучше руками через telnet проверить, что сервер принимает подключения.