Делается так:
Сервер, который строит страницу (php | asp | ...), должен построить и javascript, в котором создаются объекты для работы в api Яндекс.Карты (как в примере
документации Яндекс Карт):
1) либо прямо в html;
2) либо сервер формирует json-данные с метками. Затем ваша js-функция инициализирует объекты меток яндекс-карт
Вот тут активно обсуждают эту тему - тут и примеров много