Как насчет оператора CASE?
$sql = "UPDATE `list`
SET count1 = CASE WHEN id = ? AND ? = 1 THEN count1 - ? ELSE count1 END,
count2 = CASE WHEN id = ? AND ? = 2 THEN count2 - ? ELSE count2 END,
count3 = CASE WHEN id = ? AND ? = 3 THEN count3 - ? ELSE count3 END
WHERE id = ?";
$stmt = $conn->prepare($sql);
foreach ($data as $id => $value) {
$idParts = explode("-", $id);
$count = $value['count'];
$stmt->execute([$idParts[0], $idParts[1], $count, $idParts[0], $idParts[1], $count, $idParts[0], $idParts[1], $count, $idParts[0]]);
}
Здесь используется оператор CASE для обновления нужного столбца в зависимости от значения $idParts[1]. Если $idParts[1] не соответствует ни одному из условий, то значение столбца остается неизменным. Ну и не забываем про подготовленный запрос prepare чтобы избежать возможной инъекции