Мне кажется вопрос банальным.
Wiki:
+ Платформонезависимость
— Медленная работа с контентом
— Требуется изучение синтаксиса, т.е. неинтуитивность (про редакторы знаю, установлены, они кривые и убогие)
OneNote:
+ Интуитивность
+ Быстрая работа с контентом
— Платформозависимость. Хотя есть web-реализация, но это съедает удобство работы, не все функции доступны
P.S. Лично я пользуюсь OneNote 2010
