Советую прочесть книгу "Рефакторинг существующего кода" Мартина Фаулера. Там достаточно неплохо освещен этот процесс.
Lander дал тебе неплохую ссылку. У меня самого она в закладках.
Также прочти про антипаттерны проектирования,т.е. о том, как делать не надо.
https://sourcemaking.com/antipatterns - это ресурс по антипаттернам. На русском в поиске тоже можно найти информацию об этом.
Ну и напоследок отформатируй свой код в соответствии со стандартами твоего языка программирования. Для PHP это PSR-1 и PSR-2 (и другие PSR тоже желательно)