недавно столкнулся с подобной проблемой, но в транзакциях. При INSERT IGNORE INTO получались большие пробелы в id'ах с автоинкрементом. Нагуглил в конфиг настройку для такого:
innodb_autoinc_lock_mode = 0
С этой опцией не повышается счетчик автоинкремента в транзакциях при использовании уникального индекса, попробуйте, может получится.