Александр Романов

Используйте транзакции

https://www.mongodb.com/docs/manual/core/transactions/

Я лично на бэкенде создаю отложенные задачи на чистку базы, удаление данных дорогая операция

Можно сделать через Aggregation

let pipeline = [
    {
        $project: {
            tasks: {
                $filter: {
                    input: "$tasks",
                    as: "task",
                    cond: {$eq:["$$task.startTime",  toTimeZone( Date.now(), 'Europe/Berlin').toString()]}
                }
            }
        }
   }
]
db.user.aggregate(pipeline);

В массиве tasks останутся только те элементы, поле startTime которых совпадает с toTimeZone( Date.now(), 'Europe/Berlin').toString()