AlexandrNikolaichev

Я бы переписал с рекурсией, так более явное поведение.

function characterCalculator() {
    let words = prompt('Put your words here: ');
    if (Number(words) === 0) {
        alert(' Pls, enter a correct value: ');
        return characterCalculator();
    } else {
        return words.length;
    }
}

В вашем же случае можно вынести words за пределы цикла